Francisco nació en Asís, ciudad de Umbría, en el año 1182. Su padre, Pedro Bernardone, era comerciante. El nombre de su madre era Pica y algunos autores afirman que pertenecía a una noble familia de la Provenza. Tanto el padre como la madre de Francisco eran personas acomodadas. Pedro Bernardone comerciaba especialmente en Francia. Como se hallase en dicho país cuando nació su hijo, la gente le apodó "Francesco" (el francés), por más que en el bautismo recibió el nombre de Juan.
En su juventud, Francisco era muy dado a las románticas tradiciones caballerescas que propagaban los trovadores. Disponía de dinero en abundancia y lo gastaba pródigamente, con ostentación. Ni los negocios de su padre, ni los estudios le interesaban mucho, sino el divertirse en cosas vanas que comúnmente se les llama "gozar de la vida". Sin embargo, no era de costumbres licenciosas y era muy generoso con los pobres que le pedían por amor de Dios.
Cuando Francisco tenía unos 20, estalló la discordia entre las ciudades de Perugia y Asís, y en la guerra, el joven cayó prisionero de los peregrinos. La prisión duró un año, y Francisco la soportó alegremente. Sin embargo, cuando recobró la libertad, cayó gravemente enfermo. La enfermedad, en la que el joven probó una vez más su paciencia, fortaleció y maduró su espíritu. Cuando se sintió con fuerzas suficientes, determinó ir a combatir en el ejército de Galterío y Briena, en el sur de Italia. Con ese fin, se compró una costosa armadura y un hermoso manto. Pero un día en que paseaba ataviado con su nuevo atuendo, se topó con un caballero mal vestido que había caído en la pobreza; movido a compasión ante aquel infortunio, Francisco cambió sus ricos vestidos por los del caballero pobre. Esa noche vio en sueños un espléndido palacio con salas colmadas de armas, sobre las cuales se hallaba grabado el signo de la cruz y le pareció oír una voz que le decía que esas armas le pertenecían a él y a sus soldados.
Francisco partió a Apulia con el alma ligera y la seguridad de triunfar, pero nunca llegó al frente de batalla. En Espoleto, ciudad del camino de Asís a Roma, cayó nuevamente enfermo y, durante la enfermedad, oyó una voz celestial que le exhortaba a "servir al amo y no al siervo". El joven obedeció. Al principio volvió a su antigua vida, aunque tomándola menos a la ligera. La gente, al verle ensimismado, le decían que estaba enamorado. "Sí", replicaba Francisco, "voy a casarme con una joven más bella y más noble que todas las que conocéis". Poco a poco, con mucha oración, fue concibiendo el deseo de vender todos sus bienes y comprar la perla preciosa de la que habla el Evangelio.
Aunque ignoraba lo que tenía que hacer para ello, una serie de claras inspiraciones sobrenaturales le hizo comprender que la batalla espiritual empieza por la mortificación y la victoria sobre los instintos. Paseándose en cierta ocasión a caballo por la llanura de Asís, encontró a un leproso. Las llagas del mendigo aterrorizaron a Francisco; pero, en vez de huir, se acercó al leproso, que le tendía la mano para recibir una limosna. Francisco comprendió que había llegado el momento de dar el paso al amor radical de Dios. A pesar de su repulsa natural a los leprosos, venció su voluntad, se le acercó y le dio un beso. Aquello cambió su vida. Fue un gesto movido por el Espíritu Santo, pidiéndole a Francisco una calidad de entrega, un "sí" que distingue a los santos de los mediocres.
San Buenaventura nos dice que después de este evento, Francisco frecuentaba lugares apartados donde se lamentaba y lloraba por sus pecados. Desahogando su alma fue escuchado por el Señor. Un día, mientras oraba, se le apareció Jesús crucificado. La memoria de la pasión del Señor se grabó en su corazón de tal forma, que cada vez que pensaba en ello, no podía contener sus lágrimas y sollozos.
A partir de entonces, comenzó a visitar y servir a los enfermos en los hospitales. Algunas veces regalaba a los pobres sus vestidos, otras, el dinero que llevaba. Les servía devotamente, porque el profeta Isaías nos dice que Cristo crucificado fue despreciado y tratado como un leproso. De este modo desarrollaba su espíritu de pobreza, su profundo sentido de humildad y su gran compasión. En cierta ocasión, mientras oraba en la iglesia de San Damián en las afueras de Asís, le pareció que el crucifijo le repetía tres veces: "Francisco, repara mi casa, pues ya ves que está en ruinas".
El santo, viendo que la iglesia se hallaba en muy mal estado, creyó que el Señor quería que la reparase; así pues, partió inmediatamente, tomó una buena cantidad de vestidos de la tienda de su padre y los vendió junto con su caballo. Enseguida llevó el dinero al pobre sacerdote que se encargaba de la iglesia de San Damián, y le pidió permiso de quedarse a vivir con él. El buen sacerdote consintió en que Francisco se quedase con él, pero se negó a aceptar el dinero. El joven lo depositó en el alféizar de la ventana. Pedro Bernardone, al enterarse de lo que había hecho su hijo, se dirigió indignado a San Damián. Pero Francisco había tenido buen cuidado de ocultarse.
